Choroby brzoskwini nie są rzadkie i mogą dotknąć prawie każdej części drzewa. Rodzaje chorób brzoskwiń mogą być podzielone na grupy ze względu na organizm przyczynowy, chociaż zdecydowana większość powszechnych chorób brzoskwiń jest spowodowana przez różne gatunki grzybów działających negatywnie na całe drzewo. Kontrola choroby brzoskwini polega na wczesnym rozpoznawaniu objawów i leczeniu choroby brzoskwini tak szybko, jak to możliwe. W tym celu niezastąpione są środki zwalczające choroby brzoskwiń.
Jedną z chorób jest plamka bakteryjna, która atakuje owoce i liście, powodując pojawienie się purpurowo-czerwonych plam z białymi punktami na powierzchniach liści, które mogą opadać, pozostawiając na drzewie wygląd otworu strzałowego. Choroba zaczyna się od małych ciemnych plam pojawiających się na skórce owocu, stopniowo rozprzestrzeniając się i wnikając głębiej w miąższ. Na szczęście obrażenia na owocach można wyciąć, a owoce nadal jeść, ale cierpi na tym ich zbywalność. Dobra ochrona kulturowa ma kluczowe znaczenie dla zapobiegania plamom bakteryjnym. Dostępnych jest kilka częściowo odpornych odmian brzoskwiń, w tym Candor, Norman czy Winblo.
Brązowa zgnilizna jest prawdopodobnie najpoważniejszą chorobą owoców brzoskwini. Grzyb ten może także niszczyć kwiatki i pędy kwiatowe, poczynając od momentu kwitnienia. Małe, gumowate raki pojawiają się na zaatakowanych tkankach, rozprzestrzeniając się na zdrowe zielone owoce przy wilgotnej pogodzie. Zakażone owoce rozwijają małą, brązową plamkę, która rozszerza się, aby objąć cały owoc. W końcu owoce zmumifikują drzewo. Działaniem w takiej sytuacji jest usunięcie wszystkich mumii z drzewa, aby przerwać ich cykl życiowy. Następnie stosuje się fungicyd z tiofatem metylowym, kaptanem lub azoksystrobiną tuż przed dojrzewaniem owoców.
Brzoskwinia narażona jest także na chorobę powodującą zwijanie liści. Liście brzoskwini zawijają się jak sprężyny, powodując grube, pomarszczone lub zniekształcone liście z czerwono-fioletową obsadą. Liście dotknięte wysychają i opadają, osłabiając drzewa. Pojedyncza mgiełka siarki lub miedź fungicydu na drzewie każdej zimy powinna zapobiegać przyszłym problemom.
Parch brzoskwiniowy, podobnie jak plamka bakteryjna, przejawia się przede wszystkim jako defekty estetyczne na owocach. Małe, ciemne plamy i pęknięcia pojawiają się na powierzchni, ale mogą być tak liczne, że rosną razem w duże łaty. Pędy i gałązki mogą rozwijać owalne zmiany z brązowymi centrami. Zwiększenie cyrkulacji powietrza w czaszy przez przycięcie drzewa poważnie może pomóc, podobnie jak użycie fungicydu ochronnego, takiego jak siarka zwilżalna, azoksystrobina lub kaptan. Pomocne jest spryskanie drzewa pięć razy w odstępach od siedmiu do 14 dni.
Żółcienie brzoskwiniowe jest częstym problemem w drzewach, które nie są już objęte programem opryskiwania. Liście i pędy mogą się zdeformować, natomiast owoce dojrzewają przedwcześnie, z gorzkim smakiem i niską jakością owoców. Może to wpłynąć zarówno na całe drzewo lub tylko na jego część. Niestety, nie ma lekarstwa na żółcenie brzoskwiniowe – gdy objawy są oczywiste, usunięcie drzewa jest jedyną opcją.